Les statuts de la Fondation, établis par le Dr Antoine Cloëtta le 27 septembre 1973, stipulent que le but de la Fondation est le suivant
a) soutenir et promouvoir la recherche médicale et les disciplines scientifiques connexes en Suisse et à l’étranger ;
b) la création et l’attribution annuelle d’un prix Cloëtta destiné à honorer des personnalités suisses et étrangères ayant rendu des services exceptionnels dans des domaines spécifiques de la recherche médicale.